Распространены также мелкие озера и лайды (0,5–3 км в диаметре). Наиболее многочисленны озера площадью 0,5–50 км2 , 0,5–3 м глубиной. Встречаются также озера площадью до 100–350 км2, такие как Моготоево и Омук-Кюёль. Наиболее крупные озера могут оставаться не полностью растаявшими до середины июля. Форма озер преимущественно круглая или овальная, часто тетрагональной формы; берега низкие и заболоченные. Подземные льды, талые и дождевые воды служат основными источниками питания озер.

Отличительная особенность термокарстовых озер — как их быстрое образование, так и столь же краткосрочное обмеление, высыхание и зарастание, с последующим преобразованием в заболоченные низменности, в результате недостаточного питания или стока воды по протокам. В то же время, за 40–48 лет на территории повышенной плотности населения стерха площадь 9 озер (от 11,4 до 49,6 км²) увеличилась на 0,3–2,9% (Пшенников, Гермогенов, 2000).

В долинах и дельтах рек распространены пойменные озера, уровень воды в которых зависит от уровня воды в реках: увеличивается в период снеготаяния и уменьшается в середине лета. Водосток рек распространен неравномерно, 90−95% приходится на лето (Макунина, 1985). Кроме того, долины рек и водоразделы широко заняты полигональными травянистыми и травянисто-моховыми заболоченными низменностями.

В низовьях р. Индигирка речная сеть развита слабо. Гидрологический ландшафт представлен здесь цепочками из множества мелких озер (или лайд) и межозерных заболоченных низменностей, часто связанных временными протоками.

Основной источник питания озер тундровой зоны — подземные льды, талые и дождевые воды. Озера замерзают раньше рек, вскрываются позже. На наиболее крупных озёрах лёд иногда частично сохраняется до середины июля.